Mecklenburg-Vorpommern ist wie große Teile Ostdeutschlands innerhalb der Europäischen Union ein sogenanntes Ziel-1-Fördergebiet. Dazu zählen Regionen, in denen das Pro-Kopf-Bruttoinlandsprodukt unter 75 Prozent des europäischen Durchschnitts liegt. Die EU unterstützt diese Gebiete finanziell, um einen Beitrag zum Wirtschaftswachstum und zur Strukturverbesserung zu leisten. Die Umsetzung der Ziele erfolgt über verschiedene Förderprogramme und EU-Fonds. Der Europäische Fonds für regionale Entwicklung (EFRE) unterstützt Investitionen im gewerblichen Bereich. Nutznießer sind hier vor allem kleine und mittlere Unternehmen (KMU). Gefördert werden darüber hinaus Investitionen zur Verbesserung der Infrastruktur sowie Maßnahmen zum Schutz der Umwelt. In der Förderperiode 2007 bis 2013 erhält Mecklenburg-Vorpommern aus diesem Fonds rund 1,252 Milliarden Euro.
Der Europäische Sozialfonds (ESF) dient der Bekämpfung der Arbeitslosigkeit und stärkt Beschäftigungspotenziale. Bevorzugt gefördert werden Projekte, die der Jugend- und Langzeitarbeitslosigkeit vorbeugen. Aus ESF-Mitteln werden zum Beispiel Maßnahmen zur beruflichen Weiterbildung kofinanziert, die Arbeitnehmern und Arbeitnehmerinnen die Anpassung an die sich wandelnden Erfordernisse des Arbeitsmarktes ermöglichen. Das Fördervolumen für Mecklenburg-Vorpommern beträgt zwischen 2007 und 2013 rund 417 Millionen Euro. Der Europäische Landwirtschaftsfonds für die Entwicklung ländlicher Räume (ELER) dient der Verbesserung der Agrarstrukturen und der Entwicklung des ländlichen Raumes. Gefördert werden u.a. die Flurbereinigung und die Dorferneuerung. Landwirte erhalten Finanzhilfen zum Beispiel in Form von Investitionszuschüssen. Das Fördervolumen für Mecklenburg-Vorpommern beträgt zwischen 2007 und 2013 rund 882 Millionen Euro.
Der Europäische Fischereifonds (EFF) verfolgt das Ziel, dauerhaft zu einem Gleichgewicht zwischen Fischereiressourcen und ihrer Nutzung beizutragen. Gefördert werden beispielsweise die Erneuerung der Flotte oder die Modernisierung von Fischereifahrzeugen, die Ausrüstung von Fischereihäfen, die Aquakultur, der Aufbau wirtschaftlich rentabler Unternehmen oder verschiedene sozioökologische Maßnahmen. Auch wenn Tätigkeiten vorübergehend eingestellt werden müssen, ist eine Förderung möglich.